掃描電鏡是用電子打在樣品上，用電子束成像。這主要是因為電子的波長小，光的波長在400到700納米量級，而電子的波長公式是 lambda=h/(mv)，一般用的電壓是80kV 到 300kV，電子的波長就是在0.01納米左右，和原子的大小接近。更短波長的好處，是可以觀測到更小尺寸的東西，否則會因為波的衍射和干涉無法分辨。通常看到的生物樣品，和高倍昆蟲圖片，是用掃描電鏡拍到的，實際上這是電子顯微鏡中放大倍數zui低的，純科普的。這些其實還可以用光學顯微鏡看。我們說的「顏色」是可見光的顏色，對于電子來說，它不是光，因此沒有顏色一說。因此樣品成像無顏色
掃描電鏡目前*泛的用途是看電子元件，像CPU現在都是25納米制程，這些的檢查都是用高分辨率的掃描電鏡。還有一些生物樣品，比如骨頭斷面組織之類也會用到掃描電鏡。還有納米線的形貌像（外觀）。
毓秀儀器采用二次電子和背散射電子兩種探測器。同時配備4個可選光闌（30、50、100、200um），通過改變電子束大小可提供高分辨率圖像。
掃描電鏡分析制樣時產生的影響因素，具體有下述內容：
1.試樣磨制影響
在掃描電鏡前有時會先對裂紋樣品進行高倍金相檢驗，因為經過磨樣，磨制過程當中砂輪、砂紙顆粒還有研磨輔料等會殘留在裂紋內，不容易被清除。如用超聲波清洗，超聲波的分散作用會把樣品上的污染物聚集到裂紋處，影響樣品分析，所以要區分開殘留物還有夾雜物，正確的分析缺陷產生原因。對于存在裂紋的樣品，假如樣品的尺寸允許，制成斷口樣進行電鏡分析。
2.生產工藝影響
對掃描電鏡檢測，機械零部件在生產的每個環節都有不確定因素影響。首先要了解生產工藝過程，比方說拉拔過程的磷皂化膜、鐓鍛、機加工工序等使用的冷卻液，熱處理淬火冷卻介質等等，它們的成分會影響缺陷樣品的分析結果。
3.取樣標記影響
大多數取料的時候，為標識清楚會用白色或黑色油性記號筆做標記，標記如標識到缺陷面上，超聲波清洗很難*清洗干凈，如對記號筆的成分不了解，也許會讓分析人員做出錯誤的判斷。這要求取樣者在取樣的時候注意保持樣品原狀，不破環樣品的觀察面，方便進行分析，現場用白色記號筆的成分以氧化硅還有氧化鎂為主，黑色油性記號筆的成分主要以碳為主，而且含有少量的鋅元素。當分析發現有此類元素的時候，要尤其予以注意還有區分。
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